Выездная проверка

Инспекция провела выездную налоговую проверку за период 2000-2002г.

Считает, что организация неправильно исчисляла НДС

По большинству периодов уже есть решение суда о возммещение НДС, по нескольким сейчас идет производство о возмещении.

Но есть еще пару месяцев по которым НДС восстановить организация не смогла, т.к. в свое время не подали иски, а потом суд отказал в связи с пропуском 3-х месячного срока по 198 АПК РФ

Главный довод налогового органа , что товар не былд оплачен ин. покупателем, а авансовые платежи они почему то не учитывают.
Вопрос в том при рассмотрении данного спора судом, будут ли учитываться авансы, или всвязи с тем, что нет решения суда по этим периодам, суд примет сторону инспекции.

И еще вопрос, там в решении есть еще мелки штрафы, но их оспаривать не собираемся.

В заявлении в суд надо писать
Просим признать незаконным решение № ..
или Признать незаконным решение в части,,,НДС

По-моему, Вы будете оспаривать НАСТОЯЩЕЕ решение ИМНС, поэтому старые решения ИМНС и суда здесь ни при чем.

По существу что-либо сказать трудно, т.к. не рассказали Вы ничего про выводы налоговой. Почему не учитывают авансовые платежи?

Что касается резолютивки, то мы пишем "в части..."

С уважением

ВЫ хотите сказать, что если в выводах налоговой написано не подтверждена оплата товара, следовательно необснованы налоговые вычеты по НДС,
и есть решения суда по которым НДС подтвержден и видно что оплата была произведенна, суд не примет во внимание даное обстоятельство.

Нет, я не это хотела сказать.

Оспаривать Вы будете решение налоговой по ДАННОЙ проверке.
А при оспаривании будете опираться в том числе и на имеющиеся у Вас решения суда. Т.е., мол, п.2 ст.69 АПК РФ у Вас имеется.

С уважением