потому что теперь например по гк ст 54 "4. Юридическое лицо, являющееся коммерческой организацией, должно иметь фирменное наименование." а по ФЗ об ООО оно вправе его иметь.
Кстати, да, вопрос интересный, учитывая количество совпадений наименований юрлиц и прямую отсылку законодателя к разделу 7 ГК (в частности, п.4 ст.1474, устанавливающей последствия тождественности фирменных наименований)
Что касается новых правил удостоверения протокола, можно только посочувствовать АОшкам - если регистраторы заламывают десятки тысяч рублей за выписку из реестра, сколько же они заломят за удостоверение протокола...
Для ООО, ИМХО, самым простым будет изменение Устава с указанием удостоверения принятого решения подписью председателя и секретаря.