А что такое интернет-магазин?
Мне кажется, он может как являться, так и не являться предприятием.
А тут вопрос, скорее, вообще не для ИС, а для "общих", чтобы определить, что такое "предприятие" и что такое "имущественный комплекс".
С Максимом соглашусь: исходя из того, что написано в кодексе, предприятие суть объект вещных прав, а поскольку является комплексом, то должно иметь в составе преимущественно вещи. Собственно, об этом свидетельствует и желание законодателя установить для предприятий режим недвижимого имущества (пока у нас кроме вещей и частей вещей недвижимым имуществом ничего не называется). Косвенно об этом свидетельствует и перечисление возможных имущественных объектов в составе предприятий: права на РИД там есть, но только при перечислении после ряда других, очень важных объектов. Если в составе преимущественно исключительные права, можно воспользоваться другими правовыми конструкциями типа "единой технологии" или "сложного объекта".
Это если из закона исходить.
А если из истории появления понятия "коммерческое обозначение" в современном виде, то оно же обращено к понятию "право вывески", а вывеска, как правило, все же на каком-то материальном объекте расположена,
для его индивидуализации, выделения среди других предприятий. В принципе, может, наверное, быть и на интернет-объекте, если при этом он входит в состав имущественного комплекса, но это не подтверждено пока ничем и среди других предприятий особенно не выделяет. И уж точно это никак не связано с доменным именем. Доменное имя это скорее аналогия адреса недвижимой вещи, а не ее вывески. И если оно что-то индивидуализирует (а я считаю, что таки да), то не имущественный комплекс, а некоторый домен с информационными ресурсами в сети. А вывеска - это какое-нибудь название магазина тогда. Оно же будет размещаться на складах магазина, на документах, бланках, рекламе, на чеках и т.п.