В общем вопрос в мерах ответственности на заказчика, если он вопреки пункта 7 ПП 783 спишет неустойку. Может у кого есть практика???
счетная палата (или иной КРО в зависимости от уровня бюджета) с предписанием, там и про нарушение бюджетного может вылезти, подозрение на коррупционную составляющую с соответствующими проверками, дисциплинарка (в лучшем случае). Непроходной вариант для госзаказчика, даже при наличии судебной практики, проще просудиться.
Судиться значит попасть на пошлину и судебные расходы.
В общем порешали зачесть по 410 ГК, благо договор не один, пускай они идут в суд, раз не могли просто согласиться и списать полностью 
На сколько мне известно, есть устойчивая практика о том, что согласие или несогласие с неустойкой не влияет на обязанность заказчика по списанию.
"Обзор судебной практики применения законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд"
(утв. Президиумом Верховного Суда РФ 28.06.2017)
40. Списание или предоставление отсрочки уплаты неустоек (штрафов, пеней) в соответствии с частью 6.1 статьи 34 Закона о контрактной системе <3> является обязанностью заказчика, в связи с чем суд обязан проверить соблюдение им требований указанной нормы. Несовершение заказчиком действий по сверке задолженности с исполнителем не может служить основанием для неприменения правил о списании или предоставлении отсрочки.
В том то и дело, в Определении ВС сказано:
Нельзя согласиться и с выводом суда округа, основанным на толковании пункта 7 Правил N 783, согласно которому в случае если поставщик (подрядчик, исполнитель) не подтвердил наличие начисленной и неуплаченной суммы неустоек (штрафов, пеней), принятие решения о ее списании не допускается.
Данная норма относится к порядку и случаю осуществления непосредственно заказчиком списания сумм неустоек (штрафов, пеней), но она не может быть истолкована как препятствующая суду при наличии спора заказчика и поставщика (подрядчика, исполнителя) о размере начисленной и неуплаченной суммы неустоек (штрафов, пеней) применять положения части 42.1 статьи 112 Закона о контрактной системе, подпункта "а" пункта 3, пункта 11 Правил N 783 и признать за соответствующим лицом право на ее списание.
Несогласие поставщика (подрядчика, исполнителя) с начислением неустойки, ее размером влияет на принятие заказчиком решения о ее списании согласно положениям Правил N 783, но это обстоятельство в случае возникновения судебного спора не может являться основанием для отказа в защите права, которое в данном случае общество полагало нарушенным, и неприменения судом предусмотренных законодательством для определенных случаев антикризисных мер.
Вывод суда округа основан на ошибочном толковании и применении норм материального права в их системном единстве.
Общий вывод, что только при наличии судебного спора суд должен списать, а запрет на принятие решение о списании обязателен для заказчика.
