есть достаточно обширная суд. практика, что штраф тут не прокатит. Так как штраф - за нарушение обязательств, не связанных с просрочкой. Ну и плюс суды при отказах ссылаются на невозможность двойной ответственности за одно и то же обязательство. Одно и то же - потому что выразилось в одном - невыполнение в срок, установленный договором.
Как раз в данном случае, кроме просрочки (пени), присутствует неисполнение обязательств-штраф. Например, если была бы, одна только просрочка, и работы выполнены надлежащим образом либо обнаруженные в ходе приемки работ недостатки были устранены, то да, но поскольку работы не выполнены либо выполнены частично, то +100% штраф.
То есть, просрочка-пени одно нарушение обязательств, а неисполнение или ненадлежащее исполнение штраф второе нарушение обязательств.
п. 36-37 Президиума Верховного Суда Российской Федерации «28» июня 2017 года Обзор судебной практики применения законодательства Российской Федерации о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд