В результате работнику не была выплачена заработная плата в полном объеме.
Откройте секрет в каких случаях работника можно лишить зарплаты, а не премии? Надеюсь всё же лишили работника премии.
Если бы работник был похитрее, то ему надо было подать два иска, один по трудовому спору, другой чуть позже по гражданскому, если решение суда по трудовому было бы первым и не в его пользу, а по гражданскому вторым и в его пользу, то он мог бы обратиться в суд с пересмотром решения по трудовому спору по вновь открывшимся обстоятельствам и этим обстоятельством являлось бы то самое заключение эксперта и решение суда по гражданскому спору.
В сложившейся ситуации думаю, что для работника поезд ушел если работодатель заявит ходатайство о пропуске срока, если конечно у работника в рукаве не окажется весомых уважительных причин пропуска срока.