Хайзенберг

При прочих равных условиях заключение эксперта будет иметь преимущество хотя бы потому, что оценщик составлял отчет по заказу истца, соответственно, был зависим от истца...

Зависимость-то это не доказывает - он же член СРО, ответственность застраховал и т.д.  А эксперту ответчик платит, хоть и суд экспертизу назначил

Кажется, ответ очевиден. Не?

Да как сказать... Экспертиза-то без ответчика более чем возможна, вопросы эксперту суд сформулировал. Т.е. в данном случае отсутствие ответчика никак не повлияет на процедуру и результат экспертизы.