считаю, что права налоговая, т.к. в документах стоимость работ и запчастей разделены. В суде будут эти документы представлены и вы уже не докажите , что не было реализации товара ( ведь в заказ-наряде, насколько я поняла, будет отдельно строка по запчастям с указанием их стоимости). Единственно возможный вариант на будущее : не выделять отдельной строкой стоимость запчастей, а считать их в стоимости работ и отражать только стоимость работ вместе со стоимостью запчастей ( без указания что это запчасти) ( как распространить этот совет на проверяемы период - решайте сами).
Насчет НДФЛ прочитайте НК РФ, облагаются только доходы за минусом расходов, поэтому если продажа по себестоимости, то облагаемого дохода не будет!!! Поэтому полностью согласна с тем, что описанная деятельность не является предпринимательской и ни какие последствия им не грозят.
смотря в какой бюджет налог поступил ( в местный, регион или федерацию), если в местный , то по месту нахожд. обособленного, а если в регион или федерацию, то по месту нах. головной.