получается что кто-то такие структуры образует и они у них действуют ?!
Образуют. И МНС их регистрирует по месту нахождения недвижимого имущества и даже выдают уведомления о регистрации обособленного подразделения по месту нахождения этого имущества. И нормально эти обособленные подразделения действуют.
Закажите печать в Московской области. Изготовители печатей в области не заносят их в реестр, там его просто нет. А московским конторам не запрещено изготавливать печати в области.
По поводу логотипа - если нет опасений, что кто-либо начнет его оспаривать, то вообще проблем нет.