Njusja-

а если сейчас попробовать зарегить этот договор? а потом уже - дополнилку к нему?

Тогда потом еще месяц снимать обременение в реестре. Есть риски, что в этот месяц не получится сдать помещение новому арендатору. Соответственно, убытки.

Судя по всему, взаимопонимание между сторонами имеется, почему бы его просто не переподписать?
[/quote]

Понимание есть только по вопросу досрочного прекращения аренды. Однако наша сторона заинтересована в том, чтобы все условия, изложенные в договоре были действительны.
Вариант с переподписанием на краткосрочный договор рассматривается в последнюю очередь, поскольку договор засвечен в ФРС. Хочется исключить риски оспаривания сделки по ее притворности.

Подскажите, пожалуйста, что произойдет с договором аренды нежилого помещения сроком более одного года, который незарегистрирован, когда стороны внесут в него изменения о сроке.

С этим договором ничего не произойдет, потому что юридически его не существует. Можно будет говорить о заключении нового договора аренды на срок менее года на тех же условиях. Но Заключен он будет соответственно только с сомента внесения соответствующих поправок. Или... стоп. Правильно ли я Вас понял, чтоб Вы хотите, чтобы когда-то подписанный и незарегистрированный договор аренды сроком более года вдруг стал задним числом действительным на уже прошедший период менее года?

Да, именно такую конструкцию мы пытаемся соорудить (чтоб договор был действительным с момента подписания, но без регистрации). Ничего не получается, к сожалению.
Рассматриваем три варианта ответа на данный вопрос:
1. Поскольку долгосрочный договор незарегистрирован и, соответственно, незаключен, все дополнительные соглашения к нему, в том числе и о сроке действия, тоже незаключены.
2. С момента заключения допника существует новый краткосрочный договор. Однако старый все равно не действовал.
3. Долгосрочный договор до момента регистрации является договором, заключенным на неопределенный срок. Соответственно, можно допник и не делать.
Какие рассуждения правильны, непонятно. Практики не нахожу.