Логика такая.
Решение вышестоящего налорга отменяют по процедуре, т.к. вынесено с нарушением срока (ведь в НК же установлен срок 1+0,5 мес. - значит надо соблюдать).
Если решение вышестоящего налорга отменяют, то и первоначальное не вступает в силу как не утвержденное согл. п. 9 ст. 101 НК РФ.