Нет противоречия.
Эти положения направлены на то, что компетенция органов управления должна содержаться в учредительном документе общества - его уставе, в том числе в силу его публичности, а не в SHA.
Данный запрет (1-ый абз.) не препятствует введению договорной обязанности проголосовать на общем собрании за включение в устав положений, определяющих структуру органов и их компетенцию.
Более того это (возможность именно голосовать за определенную структуру органов управления и/или их компетенцию) подчеркивает исключительность высшего органа управления корпорации с исключительной компетенцией в качестве квалифицирующего признака корпоративного юридического лица.
Кажется я понял о чем речь. Спасибо!