Наше управление Росреестра никаких ссылок не принимает, так как ДДУ у них хранится в деле с земельным участком, в то время как при регистрации права собственности на квартиру формируется новое дело уже на квартиру. Я их понимаю - дело по земельному участку можно полдня изучать, чтобы найти требуемый договор, а они и так зашиваются. Так что никаких отступлений от 214 и 122-ФЗ в сторону дольщика...У нас традиционно достаточно сослаться на номер дела, в котором имеется нужный документ. В этом случае, на мой взгляд, вообще нельзя говорить, что документ не представлен.
Как вариант, попросить у застройщика его экземпляр ДДУ с клятвенным заверением Возможно, каким-либо залогом) вернуть договор после регистрации. Минус в том, что далеко не каждый застройщик пойдет на такое...