Вот примеры из судебной практики:
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 17.08.2009 N Ф04-4640/2009(12088-А75-10) по делу N А75-8327/2008
"...Между ЗАО "ТАРКУС" (подрядчик) и ООО "Сибирский тракт" (субподрядчик) заключен договор подряда от 20.03.2006 N АВ-01/2006, по условиям которого субподрядчик обязался выполнить работы по строительству автомобильной дороги Уренгой - Красноселькуп, участок Южно-Русское нефтегазовое месторождение - Береговое газоконденсатное месторождение и передать результаты выполнения строительных работ подрядчику, а последний принять и оплатить выполненные работы.
Пунктами 4.2.3, 4.2.4 договора от 20.03.2006 N АВ-01/2006 согласовано, что оплата 90 % стоимости выполненных работ производится в срок, не превышающий 30 дней с момента предъявления субподрядчиком счета-фактуры, при наличии подписанных ежемесячных актов по форме КС-2, КС-3. Окончательный расчет в соответствии с полной ценой договора производится в течение 90 дней после подписания приемочной комиссией акта формы КС-14, приемки всех законченных строительством объектов и ввода их в эксплуатацию.
Субподрядчик свои обязательства исполнил надлежащим образом, что подтверждается представленными счетами-фактурами, актами формы КС-2, КС-3, подписанными обеими сторонами. Подрядчик принял работы без замечаний, однако обязательство по оплате исполнил не в полном объеме. Задолженность за выполненные истцом и принятые ответчиком работы по договору от 20.03.2006 N АВ-01/2006 составила 17 279 307 рублей 87 копеек, в связи с чем, истец 17.11.2008 направил письмо с требованием оплаты, которое оставлено ответчиком без удовлетворения.
Акт формы КС-14 приемочной комиссией не подписан, приемка всех законченных строительством объектов не осуществлена, объект не введен в эксплуатацию.
В соответствии с пунктом 1 статьи 740 названного Кодекса Российской Федерации по договору строительного подряда подрядчик обязуется в установленный договором срок построить по заданию заказчика определенный объект либо выполнить иные строительные работы, а заказчик обязуется создать подрядчику необходимые условия для выполнения работ, принять их результат и уплатить обусловленную цену.
Согласно статье 309 Гражданского кодекса Российской Федерации обязательства должны исполняться надлежащим образом в соответствии с условиями обязательства и требованиями закона, иных правовых актов.
Как разъяснено в пункте 9 Информационного письма Президиума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 24.01.2000 N 51 "Обзор практики разрешения споров по договору строительного подряда", оплата генеральным подрядчиком выполненных субподрядчиком работ должна производиться независимо от оплаты работ заказчиком генеральному подрядчику. Следовательно, согласование сторонами условия об окончательном расчете за работы после подписания акта формы КС-14 не исключает обязанности подрядчика произвести оплату фактически выполненных субподрядчиком и принятых без замечаний подрядчиком работ.
Таким образом, судом первой инстанции сделан правомерный вывод об обязанности ЗАО "ТАРКУС" оплатить истцу задолженность в размере 17 279 307 рублей 87 копеек и пеней 27 104 рублей 48 копеек по договору подряда от 20.03.2006 N АБ-01/2006..."
Определением ВАС РФ от 28.09.2009 N ВАС-11930/09 по делу N 75-8327/2008 отказано в передаче дела для пересмотра.
Или вот
Постановление Семнадцатого арбитражного апелляционного суда от 15.09.2008 N 17АП-6285/2008-ГК по делу N А60-9108/2008
"...Как следует из материалов дела, между обществом "Российские железные дороги" (Заказчик) и обществом "Дорстройтранс" (Подрядчик) 18 декабря 2007 г. заключен договор подряда N НЮ-3651/07 (л.д. 14-20 том 1), по условиям которого Подрядчик обязуется выполнить собственными и привлеченными силами работы по удлинению станционных путей ст. Осенцы Свердловской железной дороги в соответствии с утвержденной проектно-сметной документацией, графиком производства строительно-монтажных работ (Приложение N 2), а Заказчик обязуется принять работу и оплатить ее.
Истец во исполнение принятых на себя обязательств выполнил предусмотренные договором работы на общую сумму 10 509 772 руб. 66 коп. Факт выполнения работ и их стоимость подтверждается актом приемки выполненных работ за декабрь 2007 г. (л.д. 21-33 том 1), а также справкой о стоимости выполненных работ и затрат от 31.12.2007 (л.д. 34 том 1).
Указанные документы подписаны сторонами без каких-либо замечаний по качеству выполнения работ со стороны ответчика.
Суд первой инстанции правильно указал, что ссылка ответчика на положения п. 4.3 договора во внимание не принимается, поскольку при заявлении требования о взыскании стоимости работ в судебном порядке суд исходит из стоимости выполненных работ, подтвержденной первичными документами. Таким образом, доводы апелляционной жалобы о том, что спорный объект до сих пор не введен в эксплуатацию и числится как незавершенное строительство, следовательно, для взыскания основного долга у суда первой инстанции оснований не имелось, являются неправомерными..."
Постановлением ФАС Уральского округа от 04.12.2008 N Ф09-9047/08-С4 по делу N А60-9108/2008-С1 оставлено без изменения.
Правда, есть и другое мнение:
Постановление ФАС Северо-Западного округа от 04.08.2006 по делу N А56-12069/2005
"...Дополнительным соглашением N 3 стороны согласовали, что генподрядчик оплачивает субподрядчику выполненные работы в пределах 75% договорной цены, оставшиеся 25% генподрядчик перечисляет субподрядчику в течение десяти банковских дней после подписания акта Госкомиссии.
Как установлено статьей 746 ГК РФ, оплата выполненных подрядчиком работ производится заказчиком в размере, предусмотренном сметой, в сроки и в порядке, которые установлены законом или договором строительного подряда. При отсутствии соответствующих указаний в законе или договоре оплата работ производится в соответствии со статьей 711 настоящего Кодекса.
С учетом условий дополнительного соглашения N 3 и того, что акт Госкомиссии не подписан, апелляционный суд пришел к обоснованному выводу о том, что обязанности уплаты 25% стоимости работ по договору у генподрядчика не возникло.
Этот вывод соответствует материалам дела и основан на правильном применении названных норм материального права.
С учетом этого суд кассационной инстанции находит обжалуемый судебный акт не подлежащим отмене..."
Также суды отказывают во взыскании оплаты, если договором сдача результата работ в эксплуатацию возложена на подрядчика, но он не выполнил своих обязательств. Но это, видимо, не Ваш случай. Так что удачи.