Суд не имеет оснований делать отметки о зачёте, это право приставов.
Кредитор вправе заявить о зачёте по исполнительным документам, даже если исполнительное производство не возбуждалось.
Вот что на эту тему нашлось в К+:
"Определение Верховного Суда РФ
от 15.06.2015 N 307-ЭС15-1559
Действующее законодательство не ограничивает право на зачет против требования кредитора, подтвержденного судебным решением, своего встречного требования, также подтвержденного судебным решением. Такой зачет может осуществляться посредством направления извещения о зачете по общим правилам ГК РФ о зачете встречных требований, если по выданным исполнительным листам не было возбуждено исполнительное производство.
В соответствии со ст. 412 ГК РФ в случае уступки требования должник вправе зачесть против требования нового кредитора свое встречное требование к первоначальному кредитору. Зачет производится, если требование возникло по основанию, существовавшему к моменту получения должником уведомления об уступке требования, и срок требования наступил до его получения либо этот срок не указан или определен моментом востребования.
Действующее законодательство не ограничивает право должника на применение ст. 412 ГК РФ и зачет против требования нового кредитора своего встречного требования к первоначальному кредитору, подтвержденного судебными актами.
В соответствии с разъяснением, данным в п. 4 информационного письма Президиума ВАС РФ от 29.12.2001 N 65 "Обзор практики разрешения споров, связанных с прекращением обязательств зачетом встречных однородных требований", для прекращения обязательства зачетом заявление о зачете должно быть получено соответствующей стороной.
Судами установлено, что письмо о зачете получено. Каких-либо возражений или претензий по предмету состоявшегося зачета не направлялось.
Таким образом, выводы судов о соответствии проведенного истцом зачета положениям закона являются правильными.
Ссылка ответчика в кассационной жалобе на положения ст. 88.1 Федерального закона от 02.10.2007 N 229-ФЗ "Об исполнительном производстве" является ошибочной, поскольку указанная статья введена Федеральным законом от 28.12.2013 N 441-ФЗ "О внесении изменений в Федеральный закон "Об исполнительном производстве", который вступил в силу 10 января 2014 г., т.е. после проведения зачета.
Более того, положения ст. 88.1 Федерального закона от 02.10.2007 N 229-ФЗ "Об исполнительном производстве" определяют порядок проведения зачета подтвержденных исполнительными документами требований о взыскании денежных средств, на основании которых возбуждены исполнительные производства.
Вместе с тем судами установлено, что исполнительное производство в отношении истца не возбуждалось."