На самом деле это попытка натянуть известное на неизвестное.суть соглашение об измении срока исполнения обязательства и соглашение о прекращении обязательств. К конструкции, установленной ст. 410 ГК РФ, описываемая Вами отношения не имеет.
Стороны заключают соглашение о зачете не для того, чтобы "изменить срок" и абстрактно одно от другого "прекратить обязательства", а для того, чтобы прекратить одно обязательство потому, что этим прекратится другое. Поэтому подставлять совершенно абстрактный и универсальный механизм прекращения обязательств по соглашению сторон на место явно выраженной каузы такого прекращения - значит грешить против истины. Однозначно выраженная воля сторон о таком прекращении, не будучи описана законом, дает все основания использовать для легального обоснования имеющиеся средства п.2 ст.421 ГК.
Соответственно полностью соглашусь с mikban, которым четко подмечена природа отношения:
Зачет - это способ прекращения обязательств, при котором прекращение одного обязательства обусловлено прекращением другого. Иначе говоря - одно обязательство прекращается только потому, что прекращается другое и никак иначе. Вот существо, природа зачета. Такое прекращение обязательств может стать результатом односторонней сделки - письменного заявления о зачете при соблюдении установленных законом требований (однородность и встречность требований, отсутствие обстоятельств, указанных в ст. 411 ГК). Но может стать и результатом соглашения сторон.