Итак, попробую подвести подитог двух имеющихся позиций:
1. Позиция логики - ИП не прекращается, а продолжает действовать в части, при этом прекращение патента и выдача нового взамен должно рассматриваться как технический момент, соответственно, ЛД в части продолжает действовать и максимум нужно внести изменения в части номера нового патента;
2. Формальная позиция - патент аннулируется полностью, вместо него выдается новый; ИП по первичному патенту прекращается и после выдачи нового возникает новое "усеченное" ИП. ЛД нужно перезаключать, так как прекращение первого ИП влечет прекращение действия и ЛД.
Есть возражения у представителей сторон? 
Вроде бы здесь логика не стопроцентная. Ввиду процесса по оспариванию варианта Б, лицензия на вариант А может более не требоваться для выпуска продукции ранее лицензированной по варианту А. В самом деле, объем защиты, положенной по самому варианту А, вполне мог быть уточнен. Например, уточнение присутствует в такой ситуации:
Формула варианта А: А=Д+В,
формула варианта Б: Б=Д+Ф,
лицензиат производит П=Т+В,
изначально, патентообладатель и лицензиат считали, что Д включает Т,
в процессе по оспариванию новизны варианта Б
(а) патентообладатель защищался (например, от известного решения Т+Ф), утверждая, что Д не распространяется на Т
и/или
(б) авторитетной инстанцией было решено, что Д не включает Т.
Следовательно, продукт П более не должен подпадать под вариант А из-за (а) эстоппеля (положим, он признается) и/или (б) res judicata.
Единство изобретения должно обеспечить высокую применимость и высокую частоту применимости сведений, полученных из процесса по варианту Б, к (пере)оценке объема защиты, положенной по варианту А.
Поэтому, по-моему, хороший закон должен был бы хотя бы
(а) давать лицензиату возможность прекратить или аннулировать ЛД без потерь ввиду вновь открывшихся обстоятельств
и/или
(б) форсировать прекращение или аннулирование бессодержательных ЛД.
Выходит, нет ничего особенно плохого в автоматическом прекращении или аннулировании ЛД.
