что касается случаев отказа от льготы - я с Вами согласен, вычеты применять можно 
но по умолчанию плательщиками НДС по реализации воды, тепла, газа, электричества и пр. в виде коммунальных услуг управляшки не являются, соответственно и вычеты по этим операциям применять им таки нельзя или Вы и тут со мной не согласитесь?
Как бы Вам объяснить то на пальцах? Хм... Смотрите: есть общее правило, что НДС принимается к вычету. Есть правило, что при определенных случаях НДС относится на расходы, но к вычету не принимается. Такие ситуации описаны в пп.1 п.2 ст. 171. И вот НДС по тем товарам, работы и услуги, которые приобретены для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения в соответствии с настоящей главой, за исключением
товаров, предусмотренных пунктом 2 статьи 170 НК РФ, НДС принять к вычету можно. А в указанном пункте написано, что суммы налога, предъявленные покупателю при приобретении товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, либо фактически уплаченные при ввозе товаров, в том числе основных средств и нематериальных активов, на территорию Российской Федерации, учитываются в стоимости таких товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, в случаях ...приобретения (ввоза) товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, лицами, ... освобожденными от исполнения обязанностей налогоплательщика по исчислению и уплате налога. То есть, по не облагаемым (льготируемым) работам и услугам (но не товарам) НДС принимается и к вычету и учитывается в расходах по налогу на прибыль
одновременно. Это не я придумал, так в НК написано.
