Имели ли вообще право меня спрашивать про планирование детей?
Нет. Это ваше личное дело, к работе не имеющее никакого отношения. При приеме на работу важны только ваши профессиональные качества.
Верней, спрашивать они, конечно, могли, но правдиво отвечать выне обязаны.
Имели ли право меня не брать на работу, зная что я в положении?
Нет, не имели. Об этом прямо говорит ст. 64 ТК.
Имеют ли право требовать с меня возмещение или компенсацию за учебу, если я понесла больше затрат, чем организация?
Посмотрите ст. 249 ТК. Там прямо сказано, что работник обязан возместить затраты, понесенные на его обучение работодателем
1 в случае увольнения без уважительных причин
2 в той части, в которой расходы были понесены, причем не всю эту сумму, а лишь пропорционально той части срока, которая не была отработана - т.е. в вашем случае явно меньше 5,5 тысяч. Пусть вас не смущает оговорка "если иное не предусмотрено договором". Трудовое право призвано в первую очередь защищать интересы работника и свободы договора в нем ограничена. В соответствии со ст. 57 ТК соответствующее условие договора не может ухудшать положения работника. Следовательно, обязанности выплаты 15 тысяч на вас не лежит.
Вывод: если вы можете доказать уважительность причины увольнения (даже по собственному желанию) - вы не платите ничего. Если не можете - платите меньше 5 тысяч. Но уж никак не 15.
Кстати, имейте в виду, что уволить они вас по инициативе работодателя права не имеют.
И еще: за увольнение по мотивам, связанным с беременностью и наличием, предусмотрена уголовная ответственность.