Не путайте наименование и товарный знак.
В том-то и дело, что регистрировали мы не изменения товарного знака, а изменения полного и краткого наименования некоммерческой организации.
Имеем сейчас два комплекта документов (свидетельства ФРС и ФНС) на старое "Наименование" и новое "НАИМЕНОВАНИЕ"