Собственно вопрос: агенту поручено выполнить определенные действия - организовать строительство объекта, оплачивая работы с последующим возмещением расходов. Агент некачественно выполнил работу - объект не принимается приемочной комиссией, агентский договор расторгается.
Повторно спрашиваю, что значит договор расторгается? Вы подписали двусторонее соглашение о расторжении договора?
Или в одностороннем порядке отказались от исполнения договора?
В поручении к агентскому обозначены договоры, которые должен заключить агент?
Агент может сработать через ст.1011 ГК и Комиссию (гл.51):
По ст. 1011 ГК РФ к отношениям, вытекающим из агентского договора, соответственно применяются правила, предусмотренные главой 49 (Поручение) или главой 51 (Комиссия) настоящего Кодекса, в зависимости от того, действует агент по условиям этого договора от имени принципала или от своего имени, если эти правила не противоречат положениям настоящей главы или существу агентского договора.
Если агент, заключая соответствующие договоры, действовал от своего имени и за ваш счет, то к спорным правоотношениям применяется соответственно гл. 51 ГК РФ.
В силу пункта 1 статьи 993 ГК РФ комиссионер (агент в вашем случае) не отвечает перед комитентом (принципалом в вашем случае) за неисполнение третьим лицом сделки, заключенной за счет комитента, кроме случаев, когда комиссионер не проявил необходимой осмотрительности в выборе этого лица либо принял на себя ручательство за исполнение сделки (делькредере).
Отказываясь в одностороннем порядке от исполнения договора (ст.1002, 1003 ГК) комитент должен возместить комиссионеру понесенные им до прекращения договора расходы.
Если не докажите, что агент не проявил необходимой осмотрительности при выборе подрядчиков на строительство, допустивших нарушения при проведении работ, то суд может возложить на вас обязанность выплатить агенту понесенные расходы им расходы.
Вообще надо видеть агентский договор: какие условия там и что в поручении.