Если квартира принадлежит Вам с братом, то в чем проблема? Отца выселили, а если появятся приставы, то Вы скажете, что отец здесь больше не живет. Хотя остается открытым вопрос: как Вы стали собственником спорной квартиры. Я это к тому, может отец обладает правом проживания - отказался от участия в приватизации, ну это к примеру.
Необходимо использовать ч. 3 ст. ЖК РФ и выселяем как гражданина выехавшего в другое место жительство. Но при этом Вам необходимо предоставить сведения о том, что главный квартиросъемщик (ГК) приобрел по новому месту жительства право пользования жилым помещением. Получаете решение о выселении и идете в ЖКХ, снимаете с регистрационного учета. При этом у Вас есть маленький плюс: в качестве адреса ответчика Вы будете указывать свой домашний адрес, где соответственно ни кто не будет получать корреспонденцию за ГК. Опять же но, суд может сделать запрос в Пенсионный фонд или ИЦ, ГИЦ и получить сведения о месте нахождения ГК.