Вообще-то сама налоговая ответила мне на четко поставленный вопрос: почему заявителем не может быть генеральный директор.
Ответ: существует внутреннее указание, идущее вразраз с законом "О государственной регистрации", где сказано о том, что генеральный директор не может быть заявителем.