попробуйте по отклонениям в сумме не больше 20% от рыночной стоимости а вообще есть независимые оценщики, которые могут оценить ваши акции, например http://uconst.ru/otsenka.html
все-таки мне кажется, что платить нужно будет именно с дохода, то есть с разницы
Добавлено немного позже: то, что в программе, которая доступна на сайте гнивца нет соответсвующего "вычета" в виде ваших кровных не означает, что вы должны будете запалатить налог со всей суммы