отношения по выдаче имущества тойже стоимости возникают не из заявления о выходе а из соглашения о новации и следовательно не подпадают под исключение предусмотренное п. 9-46...
Хорошо, заменили порядок исполнения возникшего обязательства, но ведь природу возникшего отношения вы не изменили, как возникло данное отношение из перехода доли к обществу, так оно и осталось. Прекратилось только обязательство общества по выплате денежной суммы участнику, так как заменили его на обязательство по передаче имущества такой же стоимости.