Если работодателю важен результат, а не процесс, то отношения с программистом нужно формализовать в виде ГПД. Если таки заключен ТД, то извольте присутствовать на рабочем месте, находящемся под контролем работодателя, подчиняться ПВТР, работать в определенном ТК режиме. А поскольку режим удаленной работы в ТК не предусмотрен, значит отступления от закона происходят на собственный страх и риск.
Согласен, могут оформить и при помощи ГПД. Однако если обе стороны устраивает ТД - никаких вопросов возникнуть не должно. Ибо целями трудового законодательства являются, согласно ст. 1 ТК РФ, "...создание благоприятных условий труда, защита прав и интересов работников и работодателей". Тем более программист - профессия гораздо более творческая, нежели, к примеру, электрик (сантехник и т.д., а также "офисный планктон 6-го разряда"
) - придёт озарение в 3 часа ночи, так он и в три ночи может работу забацать, не находясь при этом в офисе.
Потому пусть от подставы страхуется каждый как может.
Это уж по-любому, если проблемы возникнут с доп. соглашением - или "ну его нафиг мысли о работе в домашних условиях", или любые способы подстраховки, не запрещённые законом.
И не грешите на директоров 
Да это ж так, к слову... Но, так или иначе, именно "расписки" никакой директор уж точно не даст...
Кстати, я лично знаю работодателя, который в годы кризиса, урезав зарплату, не настаивал на присутствии в офисе своих заместителей и руководителей подразделений, устно разрешил выбрать один присутственный день, а потом уволил их за прогулы, чтобы не сокращать с гарантиями и выплатами. Я ничем не мог помочь своему увольняемому знакомому, который поверил директору на слово и не озаботился подтверждением такого режима.
Да уж вот что-что, а на слово верить - ну ни разу не вариант, какой бы там "золотой" директор ни был...
