Новация/не новация - вопрос, конечно, важный. Мне же в голову в первую очередь приходит т.н. "теория судебного приказа", которая предполагает, что после вынесения решения о принудительном исполнении обязательства таковое преобразуется, приобретая некий элемент, привнесённый участием суда. В частности, отголоски этой теории видны в невозможности зачёта требований после вынесения решения - мол, если требование подлежит принудительному исполнению по решению суда, то оно не является однородным с аналогичным требованием, не подкреплённым судебным решением (на деле это проявляется в том, что зачёт возможен только при наличии исполнительных листов у обеих сторон). Понятно, что у нас зачёт и после предъявления иска-то невозможен, но тут можно найти аналогичную мотивировку - если иск предъявлен, то обязательство находится "на контроле" суда, зачёт возможен только через предъявление встречного иска.
Я всё это к тому, что с тызы буквального толкования норм ГК о новации заключение МС с условием о (по сути) признании иска к новации не ведёт, ВАС же хотел указать на изменение характера обязательства, не найдя более подходящего термина.
Что касается вопроса ТС, то я считаю так: если МС по содержанию направлено на признание иска о взыскании задолженности, то новации нет, договорная неустойка может начисляться и взыскиваться. Ну а если было бы не МС, а удовлетворение иска? С чего бы нельзя было взыскать неустойку - тоже новация?.
Но позиция эта теоретическая.