Но я немного о другом: при изменении требований не потребует ли судья претензию на договорную неустойку, мне кажется такой вариант вполне возможен
Кать, ты не поняла меня. 
"Проценты на проценты" вы всё равно не взыщете. Но я не про то.
У тебя договором предусмотрен претензионный порядок, так? Это значит, что до подачи иска в суд ты должна соблюсти претензионный порядок, так? Вот и соблюдай - выставляй претензию, только с умом. Претензия дролжна быть составлена так, чтобы, с одной стороны, не была претензией по конкретному договору, а с другой стороны, вполне могла бы за таковую сойти.
Для этого ты пишешь в претензии: прошу вернуть деньги или предоставить доказательства, что Вы на них имеете право, в т.ч. прислать договор, которым Вы обосновываете своё право на эти деньги.
Если они претензию проигнорируют, пишешь им повторно: от Вас ничего не получили, повторно просим вернуть деньги или проедоставить доказательства Ваших прав на них, в т.ч. договор и документы, подтверждающие исполнение Вами своих обязательств. В ином случае подаём в суд и требуем взыскать проценты за пользование, неустойки и прочие санкции.
Можно, конечно, объединить обе жалобы в одну, но я бы делать этого не стала. Если запрашиваешь много документов разом, есть вероятность не получить ничего, и под это "ничего" контрагент может подвести и обоснование, почему не предоставили. Поэтому надо сначала попытаться вытащить те документы, которые принципиально важны, а потом уже действовать по обстановке.
Хотя при наличии договорных неустоек и невозможности подтвердить надлежащее выполнение своиз обязательств я бы на месте контрагента не стала бы возражать против того, что это НО, на претензии не отвечала бы, а свою правовую позицию строила бы на п. 4 ст. 1109 ГК РФ (ибо больше не на чем). Поэтому надо готовить директора к тому, что взыскать удастся только уплаченные деньги и %% за пользование по ставке рефинансирования, а самой готовить отбивать п. 4 ст. 1109.
