хотите оставить одного участника - выкупите долю у второго и потом занимайтесь присоединением. либо сначала присоедините, потом выкупите. Просто так убрать одного участника не получится.
на 2-й вопрос отвечает. имхо налог платит ООО, а нерезидент, так что он никуда, ничего не носит. Да и в заданном вопросе не отражен существенный момент - проадажа доли по цене выше приобретения? или как...