Необходимость использования толеранса связана с невозможностью точно определить количество товара, который будет отгружен. Обычно в таких случаях речь идет о сырьевых товарах, так называемых commodities, нефти, зерне, хлопке, металлах и др. Толеранс это не недостача, это допустимое отклонение фактической отгрузки от согласованных объемов в пределах этого отклонения, а расчеты идут по финальному счету, в котором указан фактически отгруженный вес. А вот возможная недостача или излишки уже указаны в ГОСТах на приемку соотвествующего товара и связаны с допусками вроде точности весов при взвешивании или усушек или еще чего возможного.