А-В

Планируется повышение окладов в головном офисе, но нет целесообразности делать то же в филиале. Но, равный труд - равная оплата.
Как Вы думаете, если прийти к соглашению с каждым из работников филиала и оформить дополнительное соглашение к трудовым договорам о снижении должностных обязанностей с соответственным снижением (в нашем случае не повышением) оклада

вот за это москвичей и ненавидят в провинции
за то, что они за счет регионов себе жизнь улучшают
получается, в филиале понизить, чтобы в головном офисе повысить

не отставайте от жизни - Москва - место регионального филиала.

дело не в "где-то прибыло, а где-то убыло", а в "где-то прибыль 2, а где-то прибыло 1,5".

А-В

есть головная компания и филиал, в обоих есть равные по наименованию

это смотря как написать
главный спец ООО "Голова" и главный спец филиала ООО "Голова"- названия нифига не одинаковые.

равные и по трудовой функции должности (зафиксировано в ДИ и ТД)

разве? один занимается делами всего ООО, второй только филиала ООО.

разница:
специалист 1 разряда, отдела закупок филиала ООО "..." в г. Ейске,
специалист 1 разряда, отдала закупок ООО "..."

100% идентичность:
В ДИ и Тр. договоре обязанности, ответственность, кол-во и должности подчиненных и там нет ссылок на регион. Странно, но вообще нет!


Добавлено немного позже:

А-В

Планируется повышение окладов в головном офисе, но нет целесообразности делать то же в филиале. Но, равный труд - равная оплата.

Ситуация легко решается, если не увеличивать должностной оклад работнику в столице, а установить какую-нибудь надбавку.
Таким образом, должностные оклады останутся одинаковыми, принцип будет соблюден, а цель достигнута.

А где риски выше: устанавливать разную оплату при исполнении одинаковой труд. функции или быть обвиненным в скрытой оплате через ежемесячные надбавка (да и как мотивировать надбавки если труд равный)?