АПК

лицо обладающее специальными познаниями

Здесь Вам надо экспертизу штудировать, потому что специалист не должен доказывать наличие спецзнаний.

А причем здесь ипотека, которую Вы упомянули в заголовке?

1. раз учредитель решил закрыть кредит (до этого он считал, что в погашении кредита и появлении средств в ООО он "виден" не будет, все проведет само ООО), то, вероятно, возможно внесение им этих средств в качестве уставного?

Пусть даст беспроцентный целевой заем ООО для оплаты кредита. Но тут, скорее всего, надо будет Вам соблюдать требования ФЗ об ООО в части одобрения сделок с заинтересованностью и крупных сделок;
поэтому

Что теперь? Надо ли увеличивать уставной до размера стоимости имущества?

не надо будет с УК думать.

. учредитель вводит нового участника в ООО
4. пишет заявление о выходе и просит отдать его долю имуществом

Зачем, ведь в таком случае УК не уменьшится/увеличится, поэтому с УК проблем нет. Дарением может подарить участнику ООО недвижимость, только смотрите требования ст. 45, 46, а также есть вероятность, что до момента исполнения договора дарения новый участник может признать такую сделку недействительной
поэтому вводите нового участника после исполнения договора дарения.

понятий всяких "крупная сделка", "взаимозависимость" и т.д..

этого вам не избежать, если нет условий, предусмотренных ст.ст. 45, 46.

Что считать стоимостью имущества - его цену по сделке или цена по сделке+проценты банка?

стоимость = цена товара, а также затраты на приобретение недвижимости. Проценты можно считать таковыми.

В возмещении расходов по процентам суд сразу отказал.

Думаю, что отказали по причине того, что доказать факт убытков (в виде процентов за просрочку погашения суммы долга по кредитному обязательству) трудно, т.к. не видно прич.-след. связи между оплатой процентов по кредитному обязательству и взысканием части долга и пеней за нарушение сроков оплаты по договору поставки.

Основание для взыскания основного долга - нормы закона

А что тогда предмет иска, по-Вашему?

расходы в виде банковских процентов по кредиту от суммы долга.

Интересно как истец доказывал убытки в связи с договором поставки при просрочке оплаты должником долга?

Не зная деталей дела, можно Вам рекомендовать также ст. 400 ГК РФ.

Постановление Пленума ВС РФ и Пленума ВАС РФ от 01.07.1996 г. № 6/8 (п.42), Информационное письмо ВАС РФ N 17 от 14.07.1997.