Так что, если принять точку зрения, в соответствии с которой договор не заключен, то вообще, ситуация обхохочешься (стороны полтора года работали по несуществующему договору )
Ну ситуация не такая уж, что и обхохочешься...
ИМХО, но договор то заключен и причем в редакции протокола разногласий
Поясню на примере:
Сторона А, направила договор стороне Б (сразу оговорюсь, что все условия верны и имеет смысл рассматривать ситуацию, если договор был направлен подписаным

)
Сторона Б не акцептует оферту, а предлагает иные условия акцента, что является новой офертой стороны Б стороне А.
Сторона А акцептует полученную оферту своими действиями.
В итоге получаем договор подписанный сторонами на условиях оферты стороны Б.
Теперь что касается подписан Договор стороной Б при составлении протокола разногласий или нет.
Если при заключении договора составлен протокол и подписан, а в договоре указано "С протоколом разногласий" и стоит подпись, то эта подпись под договором означаетсогласие с пунктами договора, которые прямо не упомянуты в Протоколе. Если этой подписи нет, то контрагент согласился лишь с п. в редакции протокола, а куда делось согласование остальных пунктов?
В итоге, договор не заключен, либо заключен только в виде протокола и пункты договора не действуют.
Так что в Вашей ситуации, я бы не стал принимать точку зрения, что договор не заключен....
Удачи...