Суды под изменением квалификации понимают то, что сделка, которую стороны
декларировали, на самом деле является другой по характеру сделкой т.е. оформляли договор мены, а на самом деле допустим был договор дарения или купли-продажи. У Вас же налорг констатирует, что сделка недействительна в связи с мнимостью, а следовательно невозможно поменять квалификацию той сделки, которой в принципе не было.
Но тут спорный момент, для меня сделка была для неё не было, по этому и надо разбираться в суде. Согласно постановлению ВАС п. 9. "Согласно абзацу шестому пункта 1 статьи 45 НК РФ в том случае, когда доначисление налога обусловлено изменением налоговым органом юридической квалификации совершенных налогоплательщиком сделок или статуса и характера деятельности налогоплательщика, взыскание с организации-налогоплательщика доначисленных сумм может быть произведено только в судебном порядке". А она изменила "статус и характера деятельности"
Кроме того, п.7 Постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда РФ № 22 от 10 апреля 2008 г. "Судам необходимо учитывать, что факты уклонения ответчика от уплаты налогов, нарушения им положений налогового законодательства не подлежат доказыванию, исследованию и оценке судом в гражданско-правовом споре о признании сделки недействительной, так как данные обстоятельства не входят в предмет доказывания по такому спору, а подлежат установлению при рассмотрении налогового спора с учетом норм налогового законодательства.
Оценка налоговых последствий финансово-хозяйственных операций, совершенных во исполнение сделок, должна производиться налоговыми органами в порядке, предусмотренном налоговым законодательством.
При установлении в ходе налоговой проверки факта занижения налоговой базы вследствие неправильной юридической квалификации налогоплательщиком совершенных сделок и оценки налоговых последствий их исполнения налоговый орган, руководствуясь подпунктом 3 пункта 2 статьи 45 Налогового кодекса Российской Федерации, вправе самостоятельно осуществить изменение юридической квалификации сделок, статуса и характера деятельности налогоплательщика и обратиться в суд с требованием о взыскании доначисленных налогов (начисленных пеней, штрафов).
При этом, поскольку ничтожные сделки являются недействительными независимо от признания их таковыми судом (пункт 1 статьи 166 ГК РФ), суд решает вопрос об обоснованности указанной переквалификации в рамках рассмотрения налогового спора и в том случае, когда изменение налоговым органом юридической квалификации сделок, статуса и характера деятельности налогоплательщика основано на оценке сделок в качестве мнимых или притворных (статья 170 Кодекса).
Если суд на основании оценки доказательств, представленных налоговым органом и налогоплательщиком, придет к выводу о том, что налогоплательщик для целей налогообложения не учел операции либо учел операции не в соответствии с их действительным экономическим смыслом, суд определяет объем прав и обязанностей налогоплательщика, исходя из подлинного экономического содержания данной операции или совокупности операций в их взаимосвязи".