Авл Агерий, поверьте на слово тому, кто смог обязать соседа снести капитальный забор, зарегистрированный в ЕГРП, со своего участка)), мне то есть)). Иск однозначно негаторный. Часть земельного участка, границы которой отсутствуют в гос. кадастре, не является объектом гражданского права и хотя бы по этой причине не может быть виндицирована в принципе. Вам это уже три человека сказали вообще-то.
Зарегистрированное право собственности лица на земельный участок и отсутствие правовых оснований для нахождения на нем чужого имущества ( т.ч. размещения забора) рассматривается судами в качестве неопровержимого основания удовлетворения требований об освобождении земельного участка, но не об истребовании непонятно чего. Высший арбитражный суд признает обоснованными решения судов, удовлетворивших негаторные требования об освобождении земельных участков при наличии фактов нахождения на нем чужого имущества без законных оснований. Данная позиция изложена, в частности, в Определениях ВАС РФ №ВАС-2609/09 от 18.03.2009 г., №17525/07 от 14.01.2008 г., N 833/08 от 05.02.2008 г., N ВАС-8710/09 от 13.07.2009 г., N ВАС-9111/09 от 31.07.2009 г.
Да, не верите на слово, посмотрите и мое дело, дошедшее до ФАСа - № А34-4098/2008. Так что суд правильно определил в вашей ситуации, что иск негаторный.