я не нашла вообще такого требования о заверении скан копий и сканировании их в цвете
Судя по тексту определения - от Вам этого и не требуют. От Вас требуют выслать всё то же самое, что Вы уже выслали, но с "синими" подписями и печатями. То есть фактически отсканировать всё то же, но не в ч/б варианте, а в цвете. Ничего более.
там большой объем документов, это нужно с оригиналов снимать копии
А Вы их с чего снимали, если не с оригиналов? Разумеется, электронные образы делаются с оригиналов. Или, даже если на самом деле не так, это презюмируется отправителем (то есть - просто не афишируется, что в сканер закладывались копии).
суд обязан принять заявление и в определении заявления указать на необходимость представить в судебное заседание оригиналы или выслать заверенные надлежащим образом копии, но никак не оставлять заявление без движения
Так и есть. Вам шашечки или ехать? Спорить или выполнить требование судьи ... Вам решать. Можно то и другое "в одном".
заверять их,
Зачем? Сканы, подаваемые через "Мой арбитр", заверять не надо.
Смысл электронной подачи именно в том, что подаётся электронный образ документа, то есть изображение, идентичное до каждого штриха и каждой точке тому документу, который кладётся на сканер. То есть, если у Вас в руках есть оригинальный документ - то на сканер кладётся он, и получившийся файл пересылается в суд. Если у Вас в руках только копия документа, и Вы в суд подаёте её именно как копию - только тогда, пожалуй, имеет смысл заверить, причём не скан, а тот документ, что кладётся на сканер (то есть он на сканере уже с отметкой о заверении). Но, обычно в этом случае, копию документа выдают за оригинал и не парятся. Ведь сканируете ли Вы "синий" документ или "чёрную" копию = на выходе из сканера один-в-один.
сканировать в цвете (к слову, в правилах подачи документов есть ограничение к размеру файла, не все цветные копии в этот размер поместятся))
Меня самого интересовало, что будет, если суд потребует цветные электронные образы, а файл по размеру не влезет 
)
Наверное, придётся писать, что исполнить требование суда невозможно, одновременно отправив бумажные копии почтой.
Но эта ситуации, на мой взгляд, из разряда фантастики.
в первых числах декабря направила исковое через мой арбитр, через две недели пришла отбивка о поступлении в суд
Терпеливый Вы человек. У меня обычно "Почтой России" быстрее доходит.
30 декабря пришло определение об оставлении без движения (предсказуемо...) до 30 января
Похоже, истец никуда не торопится. Раз предсказуемо.
после январских праздников все требуемые документы были направлены в суд через мой арбитр, а потом сданы в суд в подлинниках.
Зачем дублировать? Подлинники я вообще из рук не выпускаю.
11 февраля в карточке дела появилась пометочка, что 29 января поступили документы во исполнение определения об ставлении без движения
Я бы уж извёлся весь.
по сей день больше ничего не произошло. АС Московской области. я в ярости.
Заявление об ускорении не пробовали подать? Волшебные вещи это заявление делает, ей-ей! 
