Это нормальная стандартная ситуация при достижении соглашений. Если одна из сторон не согласна на протокол, надо искать компромиссы.
Либо надо еще до подписаний договоров согласовывать условия, которые бы устроили обе стороны, и подписывать один документ. Но согласитесь, это не всегда возможно. Все зависит какой менеджер ответственен за договор.
Да, полагаю с тактической т.з. всегда выигрывает тот, кто готовит текст договора, поэтому-то без протоколов не обойтись. Не со всеми, конечно, удаётся поспорить, но порядка 85% двигаются, а иногда двигаются и те, от кого и не ожидал-то. Впрочем, часто есть различные способы влияния на исполнителя

Есть, кстати, один пример, когда протокол играет существенную роль: когда сроки исполнения обязательств зависят от срока заключения договора, путём составления протокола можно их оттянуть. Такое иногда нужно, чаще всего при поставках, у нас.