Руководство ИЗ, по сути, не при делах. Извечный вопрос "а какой юр статус у этого документа" убивает наповал (или близко к нокауту). Но суть моих рассуждений Вы уловили абсолютно точно. По моему мнению, можно говорить об исключении только тех признаков, которые не соответствуют абсолютным основаниям, только я на Руководство не ссылаюсь, т.к. 1) уже действуют Правила и Требования, 2) юр статус - никакой 3) можно сослаться и на Регламент, Правила и Требования, т.к. там это все есть.
Статус, конечно, тот еще. Но обратите внимание: на сайте СИП в "Правовых основах" нет Руководства ИЗ, но приведены, кроме Рекомендаций ПМ с сомнительным статусом, Рекомендации ИЗ от 2009 года!!!
А учитывая "сверхскоростное" д/п по заявкам на ИЗ, нам не грозит в ближайшем будущем применять ст. 1358 в отношении патентов, выданных по заявкам, поданным в соответствии с новейшими Регламентом и Требованиями 
мысль у нас с Вами работает в потрясающем унисоне

трактовка без согласования отношения к признакам на этапах экспертизы и установления факта использования мне представляется неправильной (смотрите мой пример выше).

КМК, можно даже жестче: выводы о том, что какой-то признак ф-лы не является признаком ИЗ, на стадии экспертизы ИЗ и на стадии установления использования этого ИЗ должны быть сделаны на одних и тех же основаниях с применением одних и тех же положений НД. Во всяком случае, для применения иного подхода оснований я не вижу.
Разумеется, экспертиза может быть проведена некачественно и патент может быть выдан с ф-лой, содержащей признаки, не являющиеся признаками ИЗ. Но это ничего не меняет, т.е. на стадии установления использования ИЗ анализ признаков ф-лы на предмет отнесения их к признаком ИЗ и в этом случае не отменяется.
По моему мнению, надо говорить "ЭТОГО" изобретения. Собственно защищено что? Изобретение. У него есть признаки, которые приведены в формуле изобретения (именно ЭТОГО изобретения а не в другом патенте).
Наверное, мой вопрос был сформулирован неудачно. Поясню.
1. Если "признак ЭТОГО ИЗ", то речь может идти и о таких признаках как бензин в баке. И тогда при установлении использования ИЗ необходимо ответить на вопрос, является ли указанный признак признаком, характеризующим именно ЭТО ИЗ, т.к. по абсолютным основаниям такой признак вполне может быть признаком ИЗ.
2. Если "признак ИЗ", то тогда речь идет только о тех признаках, которые по абсолютным основаниям являются признаками ИЗ. Поскольку исчерпывающих перечней признаков ИЗ в НД не имеется, то это надо понимать так: исключать из анализа при установлении использования ИЗ можно только те признаки, которые по абсолютным основаниям не являются признаками ИЗ - любого ИЗ.
Если верно указанное в п. 2, то тогда анализ ф-лы ИЗ на содержание в ней признаков, не являющихся признаками ИЗ, на стадии экспертизы и на стадии установления использования ИЗ будет разным, т.к. при экспертизе должны анализироваться еще и признаки типа "бензин в баке".
Вышенаписанное - никак не вырублено топором, это всего лишь рассуждения, которые годятся или не очень для дальнейшего обсуждения ... 