Мне кажется, тут возможны варианты. патентообладатель, например, может тоже оспорить решение о частичном аннулировании.
Оспаривать недействительный патент можно, имхо, если он прекратил действие из-за неуплаты пошлины, например. А если признан недействительным с самого начала, то оспаривать уже нечего. Но в данном случае же патент не весь прекратил действие - его заменяет другой, с уточненной формулой. Поэтому ЛПВ-1 может уточнить исковые требования в соответствии с фактическими обстоятельствами, которые изменились - вопрос только, имеет ли смысл откладываться, пока не будет определенность в том, что с этим патентом происходит.