С гражданско-правовой точки зрения подобная схема выглядит вполне нормально. Мы, например, указывали в дополнительном соглашении к догвоору аренды, что в связи с необходимостью проведения текущего ремонта арендная плата за период с___ по _____ устанавливается в размере _________. В дальнейшем, начиная с ___________ года арендная плата составляет ________.
Если Вас смущает проведение "Ремонта" задним числом, то ссылайтесь на то обстоятельство, что помещения были переданы Арендатору по льготной ставке, учитывая его "Якорный" статус и пр.пр.
Удачи


