dobr

Приняла по акту приема-передачи.

дану? Может по акту оказанных услуг?

Не смейтесь, большинство собственников контейнеров (ТрансКонтейнер не рассматриваем) предусматривают в договорах передачу контейнера в пользование именно по акту приема-передачи.

На практике, грузоотправитель по ж/д, как правило, указывает инструкции по сдаче контейнера после выгрузки в ж/д накладной ("после выгрузки передать порожний контейнер организации "Х", адрес, телефон"). Согласно ст. 3 экспедитор обязан руководствоваться указаниями клиента. Интересно, сочтет ли суд такие отметки "указаниями клиента"?

которая брала контейнер у собственника.

а что значит "брала"?

Приняла по акту приема-передачи.

Это проблемы того, кто брал контейнер у собственника. Дело в том что в договорах аренды контейнеров прописываются общий максимальный срок использования (около 30 дн.) и сроки на погрузку/выгрузку контейнера (2-3 суток). При превышении этих сроков всегда предусматривается плата за сверхнормативное пользование. Плюс в таких договорах всегда присутствует условие, что если просрочка возврата превысит n дней, собственник вправе считать контейнер утраченным и потребовать возмещения его стоимости.
Тот еще юрист, я так понимаю, что у Вашей компании нет отношений с ТЭК, которая брала контейнер у собственника? Может и отправить их решать этот вопрос напрямую с ТЭК-грузополучателем?

Запрашивали ли в ИФНС само заявление о выходе? Налоговые требуют прикладывать его к заявлению на регистрацию изменений в таких случаях(Письмо ФНС РФ от 25.06.2009 N МН-22-6/511@ "О реализации налоговыми органами положений Федерального закона от 30.12.2008 N 312-ФЗ").
Полагаю, в первую очередь, нужно обжаловать действия органов управления обществом, направленные на регистрацию изменений в ЕГРЮЛ, связанных с выходом участника, поскольку заявление о выходе не подавалось. Доля ведь переходит к обществу с момента получения им заявления о выходе, независимо от согласия других участников (фиксация факта выхода в протоколе ОСУ не имеет значения). Плюс признавать недействительным протокол ОСУ в части распределения между оставшимися участниками доли, перешедшей к обществу, т.к. перехода доли и не было. Т.е. требования должны быть: 1. признать незаконными действия органов управления по гос. регистрации изменений; 2. признать недействительным протокол о распределениии доли; 3. обязать общество внести изменения в гос.реестр, касающиеся состава участников общества и размеров их долей (прописать верное распределение).