46ая регистрирует и по рекомендованным, и по утвержденным - зависит от того, что вы регистрируете. Но это все только до июля, там вступают в силу новые формы. Поэтому вам лучше поторопиться переподать документы. Вам отказали, т.к. вы не заявили "приведение в соответствие с 312-фз". В 46ой сейчас это надо делать по рекомендуемой 13001 (галка п. 2.2 и галка п. 2.9 с соответствующими листами). В решение включите пункт про приведение в соответствии и подтверждение распределение долей. То есть заявление вам нужно одно, просто с двумя галками.