vAv123

Как мне теперь его уволить?

Смотря что у вас с ним за ТД. Например, при дистанционной работе он, скорее всего, и не обязан появляться...

Пишите ему официальный запрос (уведомление) с требованием предоставить письменные объяснения по факту своего отсутствия. Направляете такие уведомления по известным адресам его возможного пребывания. Вплоть до обращения в полицию с просьбой его найти (отпишутся). Актируете отсутствие на рабочем месте (невыполнение работы). И так далее. Обратите внимание, что такие увольнения часто успешно оспариваются, поэтому нужно особое внимание уделить всем мелочам.

Увольнять не зная достоверно, где работник и что с ним не рекомендую. Вдруг он представит листок нетрудоспособности, а Вы "пьяный был". По телефону состояние опьянения не определяется

В связи с тем, что срок подачи иска почти истек, непонятно что делать в сложившейся ситуации.

Во-первых, подавать с тем, что есть и срочно, если истекают сроки исковой давности. Во-вторых, работник должен был подписывать график сменности. Он отличается от того, как его табелировали, или подписывал неглядя? В-третьих, Вы на какой ответ директора питаете надежды? Пока что разговор не идет, насколько понимаю, о фактически отработанном времени, не нужно стараться охватить все и сразу. Но на будущее, если в процессе, такой поворот возникнет лучше подкрепиться иными доказательствами.

извиняюсь может быть неправильно сформулирован вопрос, с точки зрения делопроизводства, можно ли писать на приказах пояснения, несогласие и т.д лицам которые ознакамливаются с ним. и не требуется ли переписка на чистовую этого приказа

В приказ он никаких изменений не вносит. Соглашаться со всеми приказами работодателя не обязан. Пусть пишет.