Freyby

Право охраны проводить досмотр не наделяет работника обязанностью его проходить.

Право охраны не допустить его на территорию. 

Вне места работы не может быть трудовых обязанностей.

Так он не попал ни на место работы, ни на рабочее место. 

Если локальными правовыми актами регламентируется право охраны не пускать без проведения досмотра, а работник проигнорировал требования должностных лиц обладающих соответствующими полномочиями, в результате чего не был допущен на территорию и не приступил к исполнению должностных обязанностей, то это однозначно прогул. Уведомил ли он о причинах отсутствия непосредственного руководителя? Отказ от соблюдения ЛПА не может являться уважительной причиной для неприбытия на рабочее место.