Cheushesku

внести в качестве залога денежную сумму

Предметом залога по своей природе не могут быть деньги. Может быть вы говорите о задатке?
Поскольку предмет залога подлежит реализации на торгах в целях получения удовлетворения из его стоимости возникает налогооблагаемая база НДС.

Возьмем для примера ситуацию, что меняется двухкомнатная квартира на однокомнатную с доплатой.

(И пусть к примеру двушка была в собственности более 3-х лет, т.е. о потенциальном доходе за счет роста её стоимости мы пока не говорим).

Неудачный пример. Здесь нет предмета спора.
Поскольку двушка находилась в собственности более 3 лет, то в силу пп. 1 п. 1 ст. 220 НК РФ вычету из налогооблагаемой базы будет подлежать вся сумма дохода, полученного от продажи такой квартиры, без ограничений.

Вообще проверять налоговики могут 2 месяца, в исключительных случая - 3.

Dyka прав. Дело в том, что в силу ст. 89 НК РФ срок проведения проверки включает в себя время фактического нахождения проверяющих на территории проверяемого налогоплательщика, плательщика сбора или налогового агента. Ну не будут же проверяющие сидеть на предприятии 24 часа в сутки. Документы получили - и за ворота. В указанные сроки также не засчитываются периоды между вручением налогоплательщику (налоговому агенту) требования о представлении документов в соответствии со статьей 93 настоящего Кодекса и представлением им запрашиваемых при проведении проверки документов.
Таким образом, фактический срок проверки от ее начала до вынесения итогового решения может превышать установленные 3 месяца в разы, поэтому ничего удивительного в том, что проверка проходила 1,5 года нету.

Легко, сдаете уточненную декларацию, предварительно заплатив налог и пени, но так как у вас убыток, он съест сумму налога, соответственно остаются только пени, которые не сравнимы с суммой подлежащего уплате в бюджет налога. Это общепринятая практика, все в рамках действующего законодательства. Возможно даже распределить эту прибыль на все оставшиеся отчетные периоды в течение года, если конечно же не боитесь попасть на проверку...

п. 77 Положения по ведению бух. учета и бух отчетности в РФ, утв. Приказом МФ РФ от 29.07.98 №34н
Таким образом, состав указанной Вами комиссии формируется в порядке, установленном для формирования комиссии при проведении инвентаризации