Земляной червь

Это сейчас не актуально. Нет больше ни землеустроительных дел, ни проектов территориального землеустройства... Межевые планы рулят - см. приказ Минэкономразвития от 24.11.08 № 412.
Так что читайте новую редакцию Земельного кодекса.
Если же вас вопрос интересует ретроспективно, то, упрощенно, проекты территориального землеустройства - это проектирование участка на любом плановом материале, т.е. на бумаге. А землеустроительное дело составляется по результатам межевания, т.е., как правило, после выхода землеустроителя на место и установления границ в натуре.

Дело в том, что паспорт дается Роснедвижимостью только при наличии сведений о координатах земельного участка, т.е. должно быть межевание. Исключение сделано только для "дачной амнистии", к которой участки из земель сельхозназначения, находящиеся в долевой собственности не относятся. А в ФРС нужно предоставлять именно кадастровый паспорт, как прописано в законе о регистрации. Здесь и возникает замкнутый круг.
Нотариусу же все равно, он может взять и кадастровый паспорт и кадастровую выписку.

Очень просто, если вы оба собственники. Готовите новые землеустроительные дела и описания на два ваших участка (обратитесь к землеустроителю), потом заключаете соглашение о перераспределении. И вместе идете ставить участки на кадастровый учет. Закон вступил в силу с 24.10.08.

А участок 4,5 сотки межевался? Или это площадь по документам?

А право собственности вообще автоматически не прекращается. Учите матчасть. Так что участок как относился к федеральной собственности, так и будет относиться.
А если право не было зарегистрировано за РФ, то и оснований для регистрации не будет, и РФ свое право на такой участок уже не зарегистрирует.