Цитата
это понятноФонд - это другая ОПФ

А как Вам пример с АНО "ВСФ"? В наименовании присутствует слово "Фонд". Тем не менее организация зарегистрирована и проблем никаких никогда не было.
Кстати, от кого должно исходить заявление в суд: от заявителя, который подавал документы в ИМНС или же от учредителей (всех или одного из них)?