. Если выражена воля на создание обязательства, то почему бы ему и не возникнуть?
На мой взгляд в приведенной вами фабуле воля выражена не так, как вы описали. У вас соглашение является частью договора, обязательства из которого уже прекратили свое действие. Нигде не указано, что стороны хотят применять к новому обязательству правила предыдущего договора. В вашем случае простая ссылка на договор плюс слова о неотъемлемой части делают соглашение от зависимым обязательства, а значит - не действующим.
Чтобы воля была выражена, как вы хотите, на мой взгляд должно ясно читаться, что стороны заключили новое соглашение, к которому именно применяют правила договора, скорее, именно в понимании текста. А значит это может выглядеть как, например, соглашение с фразой: стороны определили, что к соглашению от ___ применяются положения, согласованные сторонами в договоре (ссылка) как если бы стороны исполняли такой договор. Таким способом уже не соглашение является частью договора, а старый договор является частью нового соглашения.