Система ведения реестра должна начинаться со дня регистрации АО (раньше требывалось - в течении месяца).
При восстановлении "задним числом" ранее отсутствующей или "кривой" системы этих документов необходимо:
- не делать вид, что она была и росла с самого начала АО, а составить документ (чаще всего, протокол СД при наличии в АО СД), в котором принять решение о создании системы ведения реестра (или ее приведении в соответствие с требованиями законодательства) и описать исходное ее состояние - как оно есть. Заодно в решении отразить назначение уполномоченного лица регистратора - ответственного за ведение и хранение реестра, его помощника (по закону обрабатывать документы должны не менее 2-х лиц), определить помещения - операционный зал и архив (как правило - кабинет гендиректора) и утвердить Правила ведения реестра и Правила внутреннего документооборота и контроля.
- собрать имеющиеся входящие документы, выявить отсутствующие входящие документы и отразить их в полном объеме в журнале учета входящих документов, составить полный регистрационный журнал и все лицевые счета на всех прошлых и нынешних акционеров, составить акт об отсутствии некоторых входящих документов.
В процессе сбора входящих документов можно (обязательной необходимости я не вижу) запрашивать документы от бывших акционеров или от бывшего руководства эмитента - например, анкету зарегистрированного юридического лица с приложением к ней заверенного устава, документа о регистрации, копии банковской карточки и т.д. Если это хлопотно, то я бы не стал это запрашивать, а сделал бы открытие лицевого счета этого акционера на основании имеющихся документов - например - решения о приватизации, где, скорее всего, есть нужные данные про это лицо.
Что касается отражения в документах системы ведения реестра изменения наименования эмитента с ОАО на ЗАО, то это отражается так - оформляется новая анкета эмитента (можно с приложением к ней устава эмитента), эти документы отражаются в журнале учета входящих документов, в регистрационном жургале отражается операция изменения информации об эмитенте на основании этих входящих документов, оформляется реестр на эту дату уже с новым наименованием эмитента. Лицевые счета выбывших акционеров, естественно, вообще не изменяются, а лицевые счета имеющихся акционеров из-за этого не переоформляются, но при их переоформлении в будущем, например, при изменении паспортов, в них уже будет указываться новое наименование эмитента.
Подробнее посмотрите про восстановление системы ведения реестра сайт
http://reestr-ao.ru/ (страница - создание реестра).