Если речь идет о разделе нескольких домов по 1/2 доли каждому и только по одному дому истец просит выделить долю в натуре,- ничего ведь не меняется?
Не понял. С какой стороны меняется или не меняется?

Хотя выглядит как-то странно - два дома нужно оставлять в общей собственности, а один - общую собственность прекращать.
И что тут странного?

А если ответчик не согласен - пусть предлагает свой вариант раздела...
Да, речь идет о разделе совместного дома в натуре...
Если после такого "раздела" все бывшие долевые сособственники перестают быть участниками долевой собственности, то это (в натуре))) не раздел. 
На случай, если Вы рассчитывали, что Ваша мысль будет понятна, сообщаю Вам, что она совершенно непонятна...
как-то не совсем ясно - разделить два дома по 1/2 доли в праве общей долевой собственности каждому, а последний дом разделить выделив долю....
А что неясно-то? Раздел путем определения долей - вынужденная мера, когда разделить в натуре слишком сложно либо невозможно технически, а также когда иначе будет существенно нарушен баланс интересов сторон (например, жилье у обоих единственное). Еще обе стороны сами могут попросить определить доли - тогда суд не должен отказывать в таком разделе. А в остальных случаях имущество должно делиться в натуре...